Пять лет назад Сузанна Солтер и ее сотрудники мыли горла 20 младенцев ежемесячно, пока дети не достигли 2 лет — и задокументировали отличное изменение. Способом упорядочивания ДНК швабр, Солтера, биолог в Университете Wellcome Trust Sanger в Hinxton, Англия, узнал, что у младенцев и малышей имеется очень отличающиеся микробные сообщества в их горлах. Или так, это казалось, пока бригада не осознала, что изменение было экспонатом загрязнения в двух различных партиях набора изоляции ДНК, используемого в изучении. «Пример не был настоящ», говорит бывший сотрудник Sanger Солтера Алан Уокер, сейчас биолог в Абердинском университете в Соединенном Королевстве.
Тревожимый, что много исследователей микробиома попадают в ту же ловушку, семь дней, Ходок, и их коллеги сейчас сделал систематическое изучение того, как загрязнение может оказывать влияние на результаты обзора ДНК. Они находят, что другие наборов большинство и реактивы опробования для анализа ДНК содержат беспризорную микробовую ДНК, которая может пересилить сигнал местных бактерий.
Их изучение, сообщил на этой неделе в Биологии BMC, «имеет огромное значение, потому, что это или неявно или разумеется разоблачает настоящее довольно много бумаг микробиома», говорят Мик Уотсон, bioinformaticist в Университете Рослина Эдинбургского университета в Соединенном Королевстве. «Я пологаю, что все частично знали, что имело возможность бы быть загрязнение в реактивах и комплектах, но никто в самом деле не знал степени проблемы”.Делать их опробование, Солтера, Ходока, и их сотрудников, культурных единственное напряжение Сальмонеллы и позже, растворило бактерии в в другом случае стерильном бульоне. Тогда они неоднократно растворяли бульон, проверяя его любой раз при помощи нескольких наборов изоляции ДНК и других методов и лабораторных реактивов.
Рано на протяжении, когда типовые бактерии были в изобилии, маленькой пропорции беспризорной ДНК в испытательных наборах было через чур мало для искажения результата , но тогда как пример был растворен ко всего 1 000 бактериальных клеток, ДНК загрязнителя затопила настоящий сигнал, отчеты бригады.Бригада думает, что такое загрязнение не будет проблемой для изучений микробиома фекальных образцов, по причине того, что они изобилуют пищеварительным трактом бактериальная ДНК. Но это выглядит угрожающим для образцов, как правило, содержащих достаточно мало бактерий, таких как пыль, спинномозговая жидкость или кровь, говорит Уокер.
Производители наборов изоляции ДНК не гарантируют, что их материалы стерильны, он отмечает, но много людей не могли бы понять это. «Это изучение окажет огромное влияние на то, как мы проектируем и делаем отечественные протоколы лаборатории и последовательные исследования в будущем», говорит микробовый эколог Холли Бик из Бирмингемского университета в Соединенном Королевстве.Ветераны микробиологии давали предупреждение в течении многих лет о потребности принять меры безопастности загрязнения без шуток и обмененные страшные истории. В 1998, к примеру, ученые нашли те же микробы во всех видах чрезвычайных окружающих сред; оказалось, что разновидности совместно прибыли из водопроводных труб.
Эта “неприятность так же ветха как одна область, и это постоянно открывается опять”, говорит Рут Ли, микробовый эколог в Корнелльском университете. И с этим вероятно иметь дело, говорит Гэри Хуффнэйгл, изучающий микробы легкого в Мичиганском университете, Анн-Арбор. «Это изучение не должно употребляться для отклонения анализа низких образцов биомассы», говорит он. «Управление средствами управления имеется в любую секунду главным».