Ученые в первоначальный раз безотлагательно нанесли на карту целый геном с ДНК чипами, множествами размера почтовой марки отрывков ДНК. Успех, сообщил в сегодняшней Науке, имел возможность проложить путь к лучшему пониманию условий – таких как чувствительность к заболеванию сердца – собиравшийся быть позванным вкладами нескольких генов.Верное определение места генов для линия, которыми руководят единственные гены, имеется относительно прямым. Но намного более не легко отследить черты, которые могут быть позваны объединенными работами нескольких генов, рассеянных везде по геному.
Обойти ту проблему, генетиков Элизабет Винзелер, Дэна Ричардса и Рональда Дэвиса, вместе с их сотрудниками в Стэнфорде и Университетами Дюка, перевоплощёнными к Сейчай разрабатываемой разработке ДНК чипа в компании биотехнологии Affymetrix в Санта-Кларе, Калифорния. Исследователи Affymetrix ранее проектировали жареный картофель, составленный из более чем 150 000 отрывков ДНК дрожжей, усеянной через кремниевую вафлю. Эти отрывки соответствуют накладывающимся фрагментам ДНК от полного генома дрожжей, упорядоченного в 1996.
Для картографирования генов дрожжей бригада забрала ДНК из двух различных напряжений дрожжей, названных S96 и YJM789, и использовала ферменты для ломки их в небольшие части. После маркировки частей с флуоресцентным составом бригада применила фрагменты к жареному картофелю, одно напряжение дрожжей за один раз. Если бы фрагмент совсем правильно соответствовал отрывку на чипе, то он связал бы.
По причине того, что геном S96 фактически подобен тому из напряжения, используемого для подготовки чипа, фактически все фрагменты S96 соответствовали тем на чипе. Но опробования на втором напряжении – YJM789 – показали более чем 3 000 пятен на множестве с маленькой флуоресценцией, обозначив несоответствия или различия, со справочным напряжением. Способом сравнения последовательностей отрывков, не связывавших ни с одним из испытательных фрагментов с известной последовательностью генома, исследователи имели возможность узнать, где каждое из этих несоответствий упало на геном.
«Это – совсем новый возраст. Это в самом деле захватывающе», говорит Джаспер Райн, генетик в Калифорнийском университете, Беркли. Он говорит, что работа имеется «потрясающей демонстрацией» того, как исследователи могут сейчас проанализировать все геномы на единственном шаге – достижение, которое должно упрочнения по оказанию помощи для картографирования мультигенных линия.
Но, потому, что текущее предложение жареного картофеля полные обзоры только относительно небольших геномов или образцов больших, трансгрессий в идентификации микробовых генов, как ожидают, покажется намного стремительнее.