Команда, во главе с профессором Марком Палленом, профессором Микробной Геномики в Уорикской Медицинской школе, работающей с Хелен Доногу в Университетском колледже Лондона и сотрудниками в Бирмингеме и Будапеште, стремилась использовать технику, чтобы определить ДНК TB в историческом экземпляре.Термин ‘метагеномика’ использован, чтобы описать открытое упорядочивание ДНК от образцов без потребности в культуре или целевом увеличении или обогащении. Этот подход избегает сложных и ненадежных технологических процессов, связанных с культурой бактерий или увеличением ДНК, и привлекает замечательную пропускную способность и простоту использования современных упорядочивающих подходов.
Образец прибыл от венгерской женщины, Тереции Хаусман, которая умерла в возрасте 28 25 декабря 1797. Ее мумифицировавший остается, были восстановлены от склепа в городе Вэк, Венгрия.
Когда склеп был открыт в 1994, это, как находили, содержало естественно мумифицировавшие тела 242 человек. Молекулярные исследования образца грудной клетки в предыдущем исследовании подтвердили диагноз туберкулеза и намекнули, что ДНК TB была чрезвычайно хорошо сохранена в ее теле.Профессор Паллен объяснил важность прорыва, «Большинство других попыток возвратить последовательности ДНК от исторических или древних образцов пострадало от риска загрязнения, потому что они полагаются на увеличение ДНК в лаборатории, плюс они потребовали тягостной оптимизации целевого испытания.
Красота метагеномики состоит в том, что она обеспечивает простой, но очень информативный, единый подход без предположений, который работает в большом разнообразии контекстов. Несколько месяцев назад мы показали, что метагеномика позволила нам определять E. coli напряжения вспышки от фекальных образцов, и несколько недель назад аналогичный подход, как показывала другая группа, освободил геном проказы от исторического материала».
Исследование, изданное на этой неделе в The New England Journal of Medicine, показало, что Тереция Хаусман страдал от смешанного заражения двумя различными штаммами бактерии TB. Эта информация, объединенная с работой над современным туберкулезом, подчеркивает значение инфекций смешанного напряжения, особенно когда туберкулез очень распространен.
Профессор Паллен добавил, «Это было захватывающим, чтобы видеть общие черты между последовательностями генома TB, которые мы возвратили и геном недавнего напряжения вспышки в Германии. Это показывает еще раз, что использование метагеномики может быть удивительно эффективным при отслеживании эволюции и распространения микробов без потребности в культуре – в этом случае, метагеномы показали, что некоторые происхождения напряжения циркулировали в Европе больше двух веков».