Сообщая на этой неделе в mBio, находящийся в открытом доступе журнал онлайн американского Общества Микробиологии, профессора Уорикской Медицинской школы Марка Паллена и его коллег описывает использование техники, названной метагеномикой ружья, чтобы упорядочить ДНК от окаменелого узелка из тазовой области мужского скелета средних лет, выкопанного от поселения Geridu на Сардинии, острове недалеко от берегов Италии. Geridu, как думают, был оставлен в конце 14-го века. Метагеномика ружья позволяет ученым упорядочивать ДНК, не ища определенную цель.От этого образца исследователи возвратили геном бруцеллеза Бруцеллы, который вызывает инфекцию, названную бруцеллезом у домашнего скота и людей.
В людях бруцеллезом обычно заражаются, глотая непастеризованные молочные продукты или от прямого контакта с зараженными животными. Признаки включают лихорадки, артрит и опухоль сердца и печени. Болезнь все еще найдена в Средиземноморском регионе.
«Обычно, когда Вы думаете об окаменелом материале в человеке, или животное остается, Вы думаете о туберкулезе, потому что это – наиболее распространенная инфекция, которая приводит к отвердению», говорит профессор Паллен, доктор философии, «Мы были немного удивлены получить Бруцеллу вместо этого».Скелет содержал 32 укрепленных узелка размер пенса в тазовой области, хотя Паллен говорит, что неясно, произошли ли они в тазу, или выше в груди или другой части тела.
В дополнительных экспериментах исследовательская группа показала, что у извлеченных фрагментов ДНК было появление в возрасте ДНК – они были короче, чем современные берега и имели характерные мутации в концах. Они также нашли, что средневековое напряжение Бруцеллы, которое они назвали Geridu-1, было тесно связано с недавним напряжением Бруцеллы, названным Эфиром, определенным в Италии в 1961 и двух других итальянских напряжениях, определенных в 2006 и 2007.Pallen и другие использовали метагеномику ружья прежде, чтобы обнаружить болезнетворные микроорганизмы в современном и историческом человеческом материале.
Прошлым летом он и его коллеги опубликовали отчет в The New England Journal of Medicine, описывающем восстановление геномов туберкулеза от ткани легкого 215-летней мамы из Венгрии. Его команда также определила геном напряжения вспышки, используя метагеномику на образцах кала от 2 011 E. coli вспышка в Германии.Команда Паллена теперь проверяет технику на диапазоне дополнительных образцов, включая исторический материал от венгерских мумий; египетские мумии; корейская мама от 16-го или 17-й век; и ткань легкого от французской королевы от династии Merovingian, которая управляла Францией от 5-го до 8-х веков; а также современные образцы слюны из Гамбии.
«Метагеномика готова документировать прошлые и настоящие инфекции, проливая свет на появление, эволюцию и распространение микробных болезнетворных микроорганизмов», говорит Паллен. «Мы проворачиваем через все эти образцы, и мы надеемся, что собираемся найти новые вещи».