Ученые, соперничающие за приз за $1 миллион в анализе ДНК от Минобороны, грязно ругаются. Пару из лучших 10 нагрузок соперников, что правила и выигрыш Управления Сокращения Угрозы Защиты задача Метода (DTRA) найти биотеррористические угрозы в примерах ДНК были неясны. В то время как период подчинения, закрытый 14 июля, три из 103 «решающих устройств» — и включая людей и включая бригады — сделал окончательный вариант и сейчас победит их компьютерные программы в последней оценке около.«Метод, которым они организовали способ и соревнование, которым они победили его, был легко страшен», говорит Дэвид Эйнсворт, аспирант биоинформатики в Имперском колледже Лондона, бригада которого все еще имеет шансы на выигрыш для приза.
Организаторы признают, что конкурс был твёрд, и сообщите, что выяснение, где установить брусок, было хитро. «Вы не хотите сделать его так высоко, что никто не может победить, но Вы не хотите установить брусок так низко, что у Вас имеется 200 человек, связанных для первого места», говорит Кристиан Вичерч, менеджер проектов неприятности. Факт, что три бригады преуспели, делает его оптимистичным, что конечный продукт будет крайне полезен для правительства.Но пару участников говорят, что совокупность выигрыша была зря сложной и не отразила уровень качества их работы. «С позиций цели конкурса, потому, что я осознал его, я пологаю, что маловероятно, что лучший метод победит», говорит bioinformaticist Стивен Сэлзберг из Университета Джонса Хопкинса в Балтиморе, Мэриленд. Он не принимал участие, но видел двух ученых в собственной лаборатории — инженер и аспирант биоинформатики — узко пропускают сокращение.
В январе DTRA, управление Пентагона, обвиненное в широком спектре задач безопасности, включая попытку выяснить и не допустить вероятную биотеррористическую угрозу, изложил проблему: Отыщите радикально более стремительный и более надежный метод идентифицировать разновидности и гены в сырой ДНК. Потому, что последовательная ДНК становится стремительнее и более недорогой, DTRA сохраняет надежду, что неприятность вдохновит весьма правильную программу найти опасные организмы в примерах ДНК через менее чем час — широкое улучшение если сравнивать с сегодняшними производительностями.Для управления конкурсом DTRA выбрал InnoCentive, компанию, принимающую сетевые неприятности от имени «ищущих» и принимающую подчинение от потенциальных «решающих устройств» во всем мире. Это – самый громадный приз, что DTRA внес предложение сейчас, и это воображает отклонение от обычного метода управления новости дело.
Методом принятия записей от любого, кто прошёл регистрацию онлайн, DTRA сохранял надежду распознать знание разнообразной группы исследователей без заключения предложения контракта и бюрократизма цены процесса, говорит Вичерч.Для участников борьба требует рискованных инвестиций времени фронт, но это также ликвидирует классические преграды процесса гранта. «При наличии умения для фактического ответа чего-то и наличии умения для написания предложения взять деньги — они – два разных набора навыков», говорят Дэниел Хузон, bioinformaticist в университете Тюбингена в Германии, бригада которой среди определителей.
Соблазненный призом за миллион американских долларов, приблизительно 2 700 человек, подписанных для неприятности, примерно половины из них из америки и 103 из них представленная работа. Хузон и его товарищи по команде пропустили все для посвящения 17-часовых дней проекту, но он говорит, что воздух была волнующей и стоящая цель.
Участники взяли девять наборов данных, любой содержащий соединение генетического кода из малоизвестных источников; их работа была в том, чтобы проектировать программу биоинформатики, которая идентифицирует организмы в соединении и обрисует их отдельные гены. Они представили результаты автоматизированной совокупности выигрыша, передавшей обратно точность, просматривающую между нолем и 100. Для приобретения квалификации для оценки около они должны были получить минимальный счет к каждому из девяти наборов данных.Сначала говорит участник Деррик Вуд, было неясно, как определенный ответы его программы будут и как они выигрывались.
Вуд, аспирант информатики в Университете Мэриленда, Колледж-Парк, кто не был в праве на оценку, говорит, что утратил пункты чтобы не именовать напряжение организма в некоторых случаях, но не взял дополнительных очков, когда он добавил данные о напряжении в других. После выяснения разъяснения, по которой генетической базе данных он обязан применять в качестве ссылки, соперник Роберт Эдгар, самофинансируемый вычислительный биолог, говорит, что ему сообщили в электронном бюллетене DTRA, что база данных называющиеся RefSeq была дичью, охота на которую разрешена, но позднее отыскала, что применение его не учло ответственную данные и понизило его счет.
Эдгар, также легко пропустивший сокращение, говорит, что DTRA был неизвестен в обращении к вопросам посредством периодических электронных информационных бюллетеней.Чтобы проверить, как отлично их метод трудился, участники имели возможность много раз воображать собственные результаты для выигрыша, но на подчинении был ежемесячный предел, и пару соперников сказали, что метод выигрыша был чреват жуками. Эдгар вспоминает, что совокупность была выведена из эксплуатации и потом снова показалась с совсем разными очками в перечне фаворитов. Доверие этой загадочной балльной оценке перевоплотило проблему в упражнение в обратном проектировании, говорит Эйнсворт. «Мы совершили прошедший месяц, пробуя вынудить [выигрыш] метод сказать нам, что мы преуспели, вместо того, чтобы практически делать надлежащую науку для приведения к прекрасному результату», говорит он.
Потому, что никто не подготавливался в течение первых 4 месяцев неприятности, DTRA расслабил кое-какие правила. Это пододвинуло оригинал обратно 31 мая срок до 30 июня, демонтировал два требуемых набора данных, повысился, участники количества раз имели возможность представить результаты для выигрыша и понизили требования точности. Потому, что соперники боролись , срок был опять ударен до 14 июля. «Я признаю, что был возбужден, когда у нас лишь был месяц для перемещения, и никто не встретил порог», говорит Вичерч.С меньше чем семь дней перед сроком участники взяли Email, поощряющее им объединиться для улучшения их очков.
Было «беспокойство» отчаянных Email среди бригад за прошлые 24 часа, говорит Эйнсворт, взявший пять таких приглашений и сотрудничавший с другим сольным соперником в самый последний момент. Не так давно организованная бригада имела возможность применять выводы из разных методов на разных наборах данных, обменивая результаты соединить мимолетный счет. «Это – легко полностью неестественный метод играться совокупность», говорит Эдгар, верящий методам, подготавливавшимся, возможно не лучше, чем отклоненные.
Эти три определителя сейчас загрузили целый собственный кодекс для предстоящего опробования в оценке около. В первый раз, скорость будет играть роль в соревновании, потому, что программы идут лицом к лицу и на уникальных наборах данных и на совсем новом примере ДНК. В том месте останьтесь возможностью, что, в случае если никакая бригада не удовлетворяет требования, кое-какие из тех, кто был дисквалифицирован, разглядят, говорит Вичерч.
Даже определители не могут быть уверены, что их работа удовлетворяет уникальные требования. Эйнсворт и его товарищ по команде щипнули один из их методов, но понятия не имейте, может ли он обращаться с уникальными девятью наборами данных.
Он определит в сентябре, когда о итогах фазы оценки заявят. «Я его как лотерею сейчас», говорит он.